Tuesday, June 20, 2017

Conferința RAAI 2017 la FMI

În perioada 19-20 iunie 2017, la Facultatea de Matematică și Informatică a Universității din București, s-a desfășurat prima ediție a conferinței internaționale “Conference on Recent Advances in Artificial Intelligence” (RAAI 2017).

Conferința a fost organizată de Centrul de Cercetări pentru Tehnologia Limbajelor de la Facultatea de Matematică și Informatică, Universitatea din București. Scopul principal al conferinței a fost acela de a reuni cercetători activi din diverse domenii ale Inteligenței Artificiale, prezentând subiecte și proiecte de cercetare (lucrări publicate sau în curs de desfășurare), precum și rapoarte privind tehnologiile actualizate referitoare la domeniile lor de studiu. În plus, față de scopul diseminării, conferința și-a propus să stimuleze crearea de rețele active de cercetare în domeniile participanților la conferință.


Tuesday, June 13, 2017

CNIV și ICVL 2017 la Sibiu

Ref.: http://infoub.unibuc.ro | http://csac.ulbsibiu.ro
  • CNIV și ICVL, proiecte educaționale și de cercetare, cu tradiție, de la Universitatea din București. 
  • Anual, evenimentele aduc în atenția actorilor din educația românească și internațională teme, aplicații, proiecte și cercetări care implică trendurile educaționale curente în domeniul eLearning.

DEDICAȚIE: Evenimentele din cadrul proiectelor educaționale și de cercetare CNIV și ICVL 2017 sunt dedicate acad. Octav Onicescu și acad. Gheorghe Mihoc, fondatorii școlii românești de probabilități și statistică matematică.
Teme speciale pentru edițiile din anul 2017: Massive Open Online Courses (MOOCs); Virtual Laboratory and Learning Technologies; Augmented Reality Applications in Education; Design and Development of Online Courseware.

ORGANIZARE: Universitatea din București - Centrul de Cercetare în Informatică, în parteneriat cu Universitatea "Lucial Blaga" din SibiuDepartamentul de Calculatoare și Inginerie Electrică, Facultatea de Inginerie.
DATA: Sâmbătă, 28 Octombrie 2017.

TERMENE LIMITE: 30 august 2017 pentru lucrări ICVL (ISI Proceedings), 1 octombrie 2017 pentru lucrări CNIV.

LOCAȚIE: SIBIU - Departamentul de Calculatoare și Inginerie Electrică, Universitatea "L. Blaga" din Sibiu.

WEB: http://c3.icvl.eu , http://c3.cniv.ro

SIBIU (Hermannstadt). Scurtă descriere şi obiective turistice Scurt istoric:
  • Localizat în centrul României, în sudul Transilvaniei, pe malul râului Cibin şi mărginit de Munţii Cibinului, Sibiu este unul dintre cele mai vechi oraşe din Romania.
  • Această regiune este locuită încă din neolitic (6000-1800 î.e.n.). Sub cartierul Gusteriţa s-au descoperit urmele aşezării romane Cedonia.
  • Saşii s-au stabilit aici în sec al XII-lea, jucând un rol important în dezvoltarea economică a regiunii.
  • Pentru a opri ofensiva otomană, au fost construite 40 de turnuri de apărare împreună cu ziduri de fortificare.
Oraşul este atestat documentar sub numele de Cibinum, fiind cunoscut ca un important centru mesteșugăresc. Sibiu este oraşul care a păstrat întreaga arhitectură veche, cu străzi înguste şi porţi masive. În anul 2007 a fost Capitala Culturală Europeană, împreună cu orașul Luxemburg. Cele mai importante obiective turistice:
  • în interiorul cetăţii - Piaţa Revoluţiei, Turnul Sfatului (1588), Palatul Brukental, Casa Artelor, Piaţa Mică, casa Haller, casa Reissner, Piaţa Huet, Pasajul Scărilor, Turnul Scărilor, Biserica Catolică (1726-1728), Biserica Evanghelică, Biserica Ursulinelor etc.
  • în afara oraşului - Muzeul Civilizaţiei Populare Tradiţionale în aer liber ASTRA, Parcul Sub Arini.


Glasul naturii

Dumbrava Sibiului, Muzeul Civilizaţiei Populare Tradiţionale ASTRA din Sibiu, 9 Iunie 2017
Glasul naturii: ... glasul apei ... Cântecul păsărelelor (I) ... Cântecul păsărelelor (II) ...

Saturday, May 27, 2017

Software pentru chimie

Chemistry Software. Utilizarea de software pentru rezolvarea problemelor de chimie. 
Ref.: http://c3.cniv.ro/?q=2017/ch-software

Motto: Științele sunt modele și reprezentări virtuale ale cunoașterii.

Exemple de proiecte prezentate de studenții din anul I (2016/2017) la Colocviul de la cursul de "Statistică Matematică și Informatică", specializarea Chimie medicală (înființată în anul 2016; în anul 2017 urmează să se înființeze și specializarea Chimie farmaceutică), Facultatea de Chimie - Universitatea din București.

Fișa disciplinei: https://www.scribd.com/
Teme și aplicații Laborator: https://www.scribd.com/

Legendă: FCn = Foaia de calcul n=1,2,3
  1. Mihăilescu Răzvan, anul I (ch. med.)- Proiect prezentare Prezi, https://prezi.com/view/vvpWa9h5N9FYwSmyvnKP/
  2. Teodoru Dragoș - Vlad , anul I (ch. med.)- Proiect prezentare Prezi, https://prezi.com/p/2e-eebatwpxx/
  3. Popa Adrian, anul I (chimie)- Proiect prezentare Prezi, https://prezi.com/p/sm82mc3nyy8d/
  4. Diaconescu Valentina, anul I (ch. med.)- Proiect prezentare Prezi, https://prezi.com/s5qonjq1ipaa/elemente-de-statistica-matematica-si-informatica/
  5. Mocanu Ana-Maria, anul I (ch. med.)- Proiect prezentare Prezi, https://prezi.com/ulxkgxkiiwbk/colocviu-elemente-de-statistica-matematica-si-informatica/
  6. Mărtinaș Delia, anul I (ch. med.)- Proiect prezentare Prezi, https://prezi.com/p/jd41eanrwlv0/
  7. Olănescu Florentina, anul I (ch. med.)- Proiect prezentare Prezi, https://prezi.com/jvoyl3n9smxc/elemente-de-statistica-matematica-si-informatica/

Chemistry Software

Software - ISIS Draw / Symyx Draw

A chemical structure drawing program for Windows by MDL Information Systems - https://symyx-draw.en.softonic.com/
-ISIS/Draw - An Introductory Guide - http://bbruner.org/obc/isis.htm
-Symyx Draw - An Introductory Guide - http://bbruner.org/obc/symyx.htm
-Bob Bruner's Chemistry and Molecular Biology Resources - http://bbruner.org/
-http://isis-draw-for-windows.software.informer.com/2.5/
-http://mdl-isis-draw.updatestar.com/en

Software for Life Sciences - JSDraw

Scilligence is a leading innovator of cross-platform, mobile cheminformatics and bioinformatics solutions. Its informatics tools have been widely adopted by pharmaceutical, biotech, and chemical industries, universities, research institutes and government agencies.
 A Javascript Framework for Cheminformatics and Bioinformatics - http://www.scilligence.com/web/jsdraw.aspx , http://www.scilligence.com/web/home.aspx

Chemistry Software - ChemSketch

ACD/ChemSketch Freeware is a drawing package that allows you to draw chemical structures including organics, organometallics, polymers, and Markush structures - http://www.acdlabs.com/resources/freeware/chemsketch/ , http://www.acdlabs.com/resources/freeware/

Software - BIOVIA Draw

Dassault Systèmes BIOVIA provides a scientific collaborative environment for advanced biological, chemical and materials experiences that help science- and process-driven companies develop better products faster and more cost effectively in regulated and non-regulated environments”.
Ref.: http://accelrys.com/about/

Software - MolView

MolView: a structural formula editor and a 3D model viewer. The user can draw a compound or choose from a selection of compounds from three databases. Once a compound has been selected the user can click the 2D to 3D button to convert the molecule into a 3D model which is then displayed in the viewer, located on the right side of the screen.
Ref.: http://molview.org/ , User Manual

ChemDraw and ChemOffice 16

ChemDraw is the most robust suite of scientifically intelligent chemistry productivity tools ensuring the efficient design and visualization of molecules, reactions, biological entities and pathways in a publication-ready format – leading to deeper understanding of research outputs for faster decision making. Ref.: http://www.cambridgesoft.com/

Friday, April 21, 2017

Molecular computers

Definition by Marius Buliga, Build a molecular computer. In Journal of Brief Ideas, 2015

DEFINITION. Define a molecular computer as one molecule which transforms, by random chemical reactions mediated by a collection of enzymes, into a predictable other molecule, such that the output molecule can be conceived as the result of a computation encoded in the initial molecule.  

Chemlambda - Is an artificial chemistry based on a graph rewrite system and various (random or deterministic) algorithms for applications of rewrites. The graphs in chemlambda are called "molecules" and they are stored as .mol files. Each mol file is a list of nodes, one node/line. Each line is a list of: type of node, port variables. Ref.: http://chorasimilarity.github.io/

M. Buliga: Can you believe that such a complex, intricate sequence of hundreds of chemical reactions is possible, in the right order, in the presence of randomness and without any assistance from a human director? At a molecular level?

Yes, it is possible. Here is why. What you see in this video is a virtual molecule, which enters in random chemical reactions in a soup of invisible enzymes. All chemical reactions consist in the enzymes interacting with a small number of atoms (color coded in the video), in a random order, and facilitating certain, well chosen reactions. Everything is purely local, there is nothing else behind the scenes. And still it works.
This is not real chemistry (but who knows? I believe it is, with the condition to identify real chemical reactions like those virtual ones). The chemical reactions needed are listed at this page, http://chorasimilarity.github.io/chemlambda-gui/dynamic/moves.html
If you want to play with this (made-up) chemistry, called "Chemlambda", then go to the github repository https://github.com/chorasimilarity/chemlambda-gui/tree/gh-pages/dynamic , clone it and just type: bash moving_random_metabo.sh and then choose one of the molecules, encoded as .mol files, from the list.
There are a bunch of demos, which show animations for different molecules, made in d3.js, at the link http://chorasimilarity.github.io/chemlambda-gui/dynamic/demos.html What is different in this video, which is a screen recording at 4X speed of an animation made with the script, is that it is now possible to see the virtual molecules as made of "atoms" (they may be smaller, well chosen molecules themselves).
This is possible because of a modification of the script called by the sh script, i.e. the awk script check_1_mov2_rand_metabo.awk . The visualization of the "true" virtual atoms is realized by representing the chemlambda nodes and their ports according to a color scheme which uses the "all_nodes_atom" field of the nodes and ports.

References.
Blog by M. Buliga - https://chorasimilarity.wordpress.com/
Videos by M. Buliga - https://www.youtube.com/channel/UCO2CcqUKORdyXd_CdgEdvVQ https://www.youtube.com/watch?v=4iaYiPy-oDE
Papers by M. Buiga https://arxiv.org/find/math/1/au:+Buliga_M/0/1/0/all/0/1